Noordpolderzijl is ontstaan in 1811 na de inpoldering van de Noordpolder. Door de inpoldering verdween de open zeeverbinding met de dorpjes Usquert en Warffum. Via een afwateringsluis (zijl) kon alleen Warffum nog over het water worden bereikt en verder vervoer naar Usquert kon alleen nog via de weg plaatsvinden. Voor de kleine vissersboten uit Usquert die voornamelijk op garnalen visten werd Noordpolderzijl daarom de nieuwe thuishaven. De visserij kwam steeds meer tot bloei en rond 1970 telde de Usquerder vissersvloot circa 10 schepen.

In de periode 1980-1985 is de noordelijke zeedijk op Delta-hoogte gebracht en werd een modern afwateringsgemaal gebouwd. De oude sluis verloor haar functie en werd dichtgemetseld. Tezamen met een op de dijk aangebracht steenmozaiek vormt zij nu een kunstwerk ter herinnering aan de dijkverhoging.

Gedwongen door de schaalvergroting in de visserij en de daaruit voorvloeiende sluiting van de visafslag in Noordpolderzijl zijn de resterende visserschepen van de vloot van Usquert (herkenbaar aan de letters UQ) uitgeweken naar Lauwersoog en de Eemshaven. De haven van Noordpolderzijl dient nu voornamelijk nog als aanlegplaats voor passerende schepen en jachten en als vertrekplaats voor wadtochten. De Usquerder vissers keren echter nog regelmatig terug naar hun oude thuishaven.